FECOVI se encuentra organizada en torno a una doble estructura: una política y una técnica. La estructura política está formada por sus órganos de gobierno, la Asamblea General y el Consejo Rector, en torno a los cuales se dispone de una estructura técnica y administrativa, que trabaja siguiendo las líneas estratégicas y operativas marcadas por su consejo rector, siempre alineadas con los valores de la economía social.